Ha origini molto antiche e può vantare un primato che la rende unica a livello mondiale.
Ci riferiamo alla Federico II di Napoli che è la prima Università laica sulla faccia della Terra. In data odierna, nel 1224, fu fondata per volere dell'Imperatore svevo da cui prende il nome. Ripercorriamone insieme la storia.
La costituzione è stabilita con una "generalis lictera" scritta dal sovrano e inviata da Siracusa. Sorta per volontà imperiale, fu il primo "Studium" a non dovere la sua nascita ad una coorporazione di intellettuali o di studenti, ma a seguito di un provvedimento emanato da un'autorità statale.
La scelta della sede fu dovuta a vari fattori. Innanzitutto, la città poteva vantare una florida tradizione culturale (basti pensare all'associazione con la figura di Virgilio), inoltre, godeva di un clima favorevole ed era in una posizione geografica ottimale, anche per ciò che riguardava gli aspetti commerciali. Infine, non mancarono le ragioni di ordine politico.
L'attuale capoluogo della Campania era stato l'ultimo centro ad arrendersi a Ruggero II, aveva resistito 3 anni all'assedio di Enrico VI, padre dello "Stupor Mundi" e, appena 13 anni prima, nel 1211, si era ribellata al potere imperiale. Sceglierla rappresentava anche un atto di buona volontà, per suggerire un intento conciliatorio. Ancora, Federico II chiariva che intendeva evitare ai sudditi che avrebbero voluto studiare "viaggi lunghi e dispendiosi".
L'Università avrebbe formato il personale amministrativo e burocratico del regno e permesso la crescita di un ceto di giuristi della cui collaborazione il monarca si sarebbe avvalso. Furono proprio 2 esperti di diritto dell'epoca che si occuparono dell'organizzazione dell'istituto, ovvero Pier delle Vigne (probabile che una delle sue proprietà cittadine abbia ospitato la sede originaria dello Studium) e Taddeo da Sessa. A differenza degli altri centri di studi italiani e all'estero, quello napoletano non doveva sottostare all'influenza della Chiesa per la scelta dei docenti. L'Imperatore lo aveva creato per assicurarsi funzionari preparati e fedeli e non avrebbe permesso al Papa di ostacolare il suo progetto.
Anche per questa ragione, a partire dal 14 novembre 1239, Federico stabilì l'apertura delle porte a professori e studenti provenienti da tutta Europa. L'ateneo partenopeo divenne così un centro famoso a livello internazionale, al pari di quelli di Bologna e Parigi. A parte il Diritto, vi si studiavano le Arti Liberali, la Medicina e la Teologia. Tra i professori ricordiamo Roffredo da Benevento, Andrea Bonello da Barletta e Matteo da Pisa per il Diritto, Goffredo da Trani per quello canonico, Arnaldo Catalano per la Filosofia. Fra gli studenti Giovanni Boccaccio, Francesco Petrarca e San Tommaso d'Aquino.
Durante il periodo angioino (1265-1443), l'organizzazione e la struttura dell'ente non cambiarono, perché re Carlo I ne confermò i privilegi. Con l'avvento degli aragonesi, però, la situazione mutò e l'Università chiuse 2 volte, prima di essere riaperta nel 1507 con sede nel Convento di San Domenico Maggiore. Tuttavia, le paure dovute alla diffusione della riforma protestante fecero sì che ad insegnanti e discenti fosse imposto il giuramento di fede cattolica (bolla pontificia del 1564). Nel 1618 il viceré Pedro Téllez-Giròn decretò pure quello quello nell'Immacolata Concezione. Invece, colui il quale lo aveva preceduto, Pedro Fernàndez De Castro, aveva fatto edificare una sede che corrispondeva all'attuale Museo Nazionale, che ospitò gli Studi fino al 1680, quando tornarono al Convento di San Domenico.
Il Seicento è un periodo di decadenza. Segnaliamo che, nel 1699, Giambattista Vico vinse il concorso per la cattedra di Eloquenza e Retorica. Nel secolo successivo, prima grazie agli Asburgo e, poi, ai Borbone, l'Università andò incontro ad una rinascita. Nel 1735 vi si istituì la prima cattedra di Astronomia nella Penisola e, nel 1754, la prima di Economia Politica, nel Vecchio Continente. Come professore fu scelto Antonio Genovesi. Con la soppressione dell'ordine dei Gesuiti, nel 1777, fu trasferita nel Convento del Salvatore e, per tutta la seconda metà del XVIII secolo, contribuì alla preparazione di una classe intellettuali che avrebbe, quindi, animato l'esperienza della Rivoluzione del 1799. A seguito del decennio francese (1806-1815), grazie agli sforzi di Giuseppe Bonaparte e Gioacchino Murat, il percorso di studi fu strutturato in 5 facoltà: Lettere e Filosofia, Matematica e Fisica, Medicina, Giurisprudenza e Teologia e fu creata la cattedra di Zoologia, anche questa prima in Italia. L'Università prese a collaborare con altre realtà importanti quali, ad esempio, l'Osservatorio Astronomico e l'Orto Botanico.
Il 6 marzo 1848 passò sotto il controllo del Ministero della Pubblica Istruzione del regno e, almeno fino agli ultimi 30 anni del XIX secolo, subì la spietata concorrenza degli istituti privati. Con l'avvento dell'Unità, in seguito alle leggi Bonghi (1875) e Coppino (1876), fu uniformata alle università del resto d'Italia. Negli anni successivi la popolazione studentesca prese a crescere, tanto che per numero di alunni l'Ateneo si piazzava al 3^ posto in Europa, dietro solo a quelli di Berlino e Vienna. I problemi legati agli immobili a sua disposizione vennero a galla in maniera terribile con l'epidemia di colera del 1884. Fu così che, con la legge per il rinnovamento urbano del 15 gennaio 1885, le sue strutture furono riammodernate e la sede fu stabilita a Corso Umberto I, che è quella attuale (il 16 dicembre 1908). Per via della Riforma Gentile del 1923 si ebbero nuovi indirizzi di studio.
Nel corso della Seconda Guerra Mondiale fu oggetto di devastazioni come quella del 12 settembre 1943, quando fu incendiata dai soldati tedeschi. Sulle sue scalinate perse la vita il marinaio Andrea Mansi. Alla conclusione del conflitto, perdeva il carattere elitario che aveva fino ad allora mantenuto e si aprì ad un numero di studenti sempre maggiore e di provenienza sociale variegata. Dal 1992 ha assunto la denominazione che ha ancora oggi, testimonianza di un passato glorioso che la rende uno dei fiori all'occhiello del Sud Italia.