È la prima nel suo genere in Italia e, per l'appunto, tra le più antiche in tutto il Vecchio Continente. Ci riferiamo all'Accademia Pontoniana sorta a Napoli durante il XV secolo, per iniziativa di illustri letterati. Le notizie in merito alla fondazione sono incerte, ma si ritiene che si debba ad Antonio Beccadelli, detto il Panormita (cioè il Palermitano). Come data, c'è chi suggerisce il 1443 e chi il 1458.
La prima sede fu rappresentata dall'abitazione privata del Beccadelli, studioso che nella Napoli del tempo era molto rispettato, anche per via dello stretto legame con Re Alfonso V d'Aragona. Morto il Panormita, nel 1471, ne divenne direttore Giovanni Pontano che lo rimase fino al 1502. In quel lasso di tempo, si ipotizza che le riunioni si tenessero in casa del Pontano o presso il tempietto fatto costruire da lui stesso nell'odierna via dei Tribunali, nel 1492.
Le discussioni vertevano su argomenti di letteratura e di filologia e tra i membri, nei primi anni, ci furono personalità del calibro di Jacopo Sannazzaro e Pietro Summonte. Il primo la guidò dal 1526 al 1532 e il secondo, in precedenza, dal 1503 al 1526, in coppia con Girolamo Carbone. In quel periodo riscosse un notevole successo in tutta le Penisola; basti pensare che Pietro Bembo la aveva in gran considerazione. Tuttavia, è proprio in questo secolo che si ha la prima chiusura, nel 1542.
Riaprì nel 1808 e rimase in attività fino al 1892. La nuova inaugurazione avvenne il 4 marzo del 1808 e la presidenza fu assegnata a Vincenzo Cuoco. Il 21 dicembre di quell'anno fu pubblicato il nuovo Statuto, che prevedeva la divsione in 3 classi: Matematica e Fisica, Scienze Morali e Politiche e Letteratura e Belle Arti. Nel 1817 si ebbe il decreto che sancì il riconoscimento da parte dei Borbone. Con questo documento furono aggiunte le classi di Storia e Scienze Naturali.
Con un secondo decreto, del 10 ottobre 1825, a nome di Re Francesco I delle Due Sicilie, l'istituzione riprese il nome di Accademia Pontoniana, che, nel frattempo, era cambiato. Il 17 gennaio 1892 è fatto socio onorario Benedetto Croce, il quale sarà 2 volte presidente, nel 1917 e nel 1923. In seguito, sarà nominato anche Presidente Onorario. Durante il Fascismo è accorpata all'Accademia delle Scienze Morali e Politiche della Società Reale.
Nel corso della Seconda Guerra Mondiale, sarà incendiata dai tedeschi e, quindi, ripristinata il 19 febbraio del 1944. Il nuovo statuto risale al 27 luglio 1972. Insomma, l'Accademia è l'ennesimo fiore all'occhiello della città partenopea e dell'intero Sud Italia.