Nei laboratori di Mercogliano del Pascale, diretti da Nicola Normanno, è stato sviluppato un protocollo di sequenziamento rapido per il virus, che consente di avere la completa successione virale entro 24 ore del tampone molecolare. Lo studio, che porta la firma di una giovane farmacologa, Anna Maria Rachiglio, è stato pubblicato sulla rivista scientifica internazionale "Journal of Translation Medicine".
"Lo studio - dichiara la ricercatrice 39enne al Mattino - ha descritto per la prima volta il tipo di varianti di Sars-CoV-2 nella Regione Campania, rivelando la presenza di una notevole eterogeneità di ceppi virali sin dalla prima fase del pandemia. I dati riguardano il sequenziamento del genoma del virus ottenuto da tamponi molecolari, raccolti nel periodo compreso tra marzo e aprile 2020, di individui residenti prevalentemente tra le province di Napoli e Caserta".
La nuova tecnologia è stata resa possibile grazie all'utilizzo di un sequenziatore altamente automatizzato e all'avanguardia, il Genexus, di cui Pascale è stato uno dei primi centri in Europa a dotarsi. Il Genexus è un sistema di sequenziamento di nuova generazione completamente automatizzato e ad alto rendimento in grado di sequenziare fino a 32 campioni in 24 ore.
"L'utilizzo di un sistema ad alto rendimento - continua Rachiglio - ha infatti permesso di velocizzare notevolmente il sequenziamento rispetto alle procedure standard e di ottenere il genoma virale completo anche di campioni che avevano un numero molto basso di copie del virus". Dal confronto tra le sequenze ottenute e il genoma di riferimento Wuhan-Hu-1, è stata rilevata la presenza di 48 varianti nucleotidiche, per la maggior parte osservate nell'ORF1ab a nd Spike regioni, di cui 12 mai rilevate prima.
In particolare, la maggior parte dei campioni dell'area napoletana appartiene a sette diversi cluster, un dato coerente con quanto previsto nelle aree ad alta densità di popolazione. I risultati ottenuti sono il frutto della collaborazione tra Pascale, Università Federico II e Istituto Superiore di Sanità, grazie al finanziamento della Regione Campania. Ernesta Cavalcanti, Luca De Sabato, Cristin Roma, Michele Cennamo, Mariano Fiorenza, Daniela Terracciano, Raffaella Pasquale, Francesca Bergantino hanno partecipato al progetto fortemente voluto dal direttore scientifico dell'Istituto Tumori di Napoli, Gerardo Botti, Gabriele Vaccari, Giuseppe Portella, Nicola Normanno.
Intanto continua il monitoraggio delle varianti al Pascale, che sta coordinando uno studio per la caratterizzazione dei ceppi virali che causano infezione nei malati di cancro e negli operatori sanitari. "La ricerca - afferma il direttore generale del centro oncologico napoletano, Attilio Bianchi - ha ormai superato approcci divisivi, per assumere sempre più un preciso significato sistemico. Il Covid ha fatto da catalizzatore, sottolineando in modo deciso e definitivo l'osmosi tra la conoscenza. Complimenti al gruppo di lavoro che ha prodotto questa ricerca e a tutti coloro che ogni giorno ci aiutano a trovare nuove strade".